Το κτίριο όπου στεγάζεται το μουσείο βρίσκεται σε περίοπτη θέση και αποτελεί διαχρονική φιγούρα για το νησί της Κέρκυρας καθώς στεγάζει σπάνια ευρήματα αλλά και κουβαλάει μία μεγάλη ιστορία. Ανήκει στη δικαιοδοσία της Η΄ Ε.Π.Κ.Α. και πρώτο μέλημα της ίδρυσής του μουσείου ήταν η διαφύλαξη και η παρουσίαση της πολιτιστικής κληρονομιάς της Παλαιόπολης.
Το οίκημα ξεκίνησε να κτίζεται το 1828 και αποτελεί έργο του αγγλικού αρχιτέκτονα Χουίτμορ (Whitmore), ο οποίος ήταν ο κατασκευαστής των ανακτόρων του Μιχαήλ και του Γεωργίου. Παραδόθηκε το 1831 ως θερινή έπαυλη στον Άγγλο Αρμοστή Τόμας Μαίντλαντ (Thomas Maintland) και στη Κερκυραία σύζυγό του Νίνα Παλατιανού.
Με διευθυντή τον Παύλο Προσαλέντη, το 1833 μεταφέρθηκε στο παρών οίκημα η Σχολή Καλών Τεχνών και το 1834 το αγρόκτημα της έπαυλης λειτούργησε ως δημόσιος κήπος λόγω της έκτασής του και της ομορφιάς του. Το 1840 μεταφέρθηκε στο κτήριο το ιερό σπουδαστήριο όπου και έμεινε για δύο ολόκληρα χρόνια.
Κεντρική υπόστηλη αίθουσα κτιρίου
Στην έπαυλη εγκαταστάθηκε για ένα αρκετό χρονικό διάστημα από το 1863 η αυτοκράτειρα της Αυστρίας Ελισάβετ, γνωστή και ως "Σίσσυ". Αποχώρησε όταν κατασκευάστηκε η δική της πλέον έπαυλη, γνωστή και ως Αχίλλειον. Το 1864, η έπαυλη και οι κήποι πέρασαν στην δικαιοδοσία του τότε βασιλιά Γεώργιο Α’, ο οποίος ονόμασε την ιδιοκτησία του πλέον σε Μον Ρεπό δηλαδή «η ανάπαυσή μου». Μέχρι και το 1967 βρισκόταν υπό την κυριότητας της πρώην βασιλικής οικογένειας και λειτουργούσε ως θερινή κατοικία. Ακόμη φιλοξενήθηκαν στο Μον Ρεπό πρωθυπουργοί, βασιλείς και πρίγκιπες από την Ισπανία και την Αγγλία. Λέγεται μάλιστα, πως ο ξενώνας ο οποίος αποτελεί ένα δεύτερο κτίριο δίπλα στην κεντρική έπαυλη πήρε το όνομα «Τίτο» από τον ηγέτη της πρώην Γιουγκοσλαβίας.
Κεντρική αίθουσα δευτέρου ορόφου
Το 1967, το κτήμα πέρασε στην κυριότητα του Δήμου Κερκυραίων όπου στη συνέχεια το 1995 παραχωρήθηκε στο Υπουργείο Πολιτισμού για την στέγαση του Μουσείου Παλαιόπολης το οποίο άνοιξε το 2000.
Στο μουσείο, ο επισκέπτης μπορεί να δει την έκθεση αρχαιολογικών αντικειμένων τα οποία έχουν βρεθεί κατά τις ανασκαφές στην περιοχή Παλαιόπολης. Τα αντικείμενα αυτά αποτελούν πηγή έμπνευσης, έρευνας και μελέτης καθώς προέρχονται από την αρχαϊκή μέχρις και τη ρωμαϊκή εποχή. Ακόμη, ο επισκέπτης μπορεί να μεταφερθεί στο κλίμα που επικρατούσε κατά τον 19ο αιώνα καθώς γίνονται προσπάθειες διατήρησης σε εκείνη την κατάσταση.
Αυστηρή συμμετρία χαρακτηρίζει τη σύνθεση του κτιρίου το οποίο παρουσιάζεται σε μορφή δύο συμπαγών όγκων. Η έπαυλη, δηλαδή ο κύριος όγκος αποτελεί ένα τριώροφο πολυτελές κτήσμα το οποίο είναι κτισμένο με τον αρχιτεκτονικό ρυθμό που επικρατούσε κατά την Αντιβασιλεία. Στο κτίριο επικρατούν απλές γραμμές με μεγάλα ανοίγματα δίνοντας έτσι στο κτίσμα μία θέση στα πρώιμα νεοκλασικά κτήρια της Ελλάδος.